从流程控制的角度和监管的期望应该是乙方批准，甲方做最后的批准，因为文件是乙方起草，乙方需先走完内部的流程，相当于关系和职责的分割和截断，最终由MAH进行批准，这个才是符合逻辑的。

其实检查老师观点是正确的，甲方对产品的质量负责，所以应该考虑应该是甲方作为最终的批准人。

目前我们的做法是：

乙方起草文件，草稿甲方审批，甲方无意见后，乙方走内部审批流程完成审批。最后，甲方审批生效。

委托生产时需要共同签批的文件，我们的实操是:

乙方作为文件起草人，先起草文件，并内部审核，但不签字；乙方将审核后的文件发甲方审核，甲方内部走审核流程，也是仅审核不签字；然后甲方将审核意见反馈给乙方修改，乙方修改后再发甲方审核；几轮审核修改后定稿；定稿后再走签批流程，乙方先签，甲方后签。

这样就避免了反复签的过程，但审核时间是差不多的。

       文件的审核批准应在质量协议中明确，因甲方为药品上市许可持有人，对产品负最终责任，避免资源的浪费，签订质量协议时甲方可通过风险角度去考虑，哪些文件必须甲方批准，哪些文件可以乙方批准后告知甲方，当明确这一点后，文件设计时只需要有一个批准人，除非质量协议中规定了某类的文件必须双方批准（建议尽量避免此类情况出现），这时候就会减少或者避免你说的问题出现了。

      但这也要结合甲方的文件规定去执行，比如甲方产品质量评价管理规程中明确，产品放行前质量受权人需要确认并批准所有相管的偏差关闭，但在质量协议中微小偏差不需要甲方批准，这时候就会出现Bug。

文件是乙方起草，所以乙方应该确保提供甲方签字前经过乙方内部审核通过，然后才提供甲方审批。这就意味着，甲方应该后签。

在委托生产的情况下，甲作为持有人，乙作为受托方，共同签批工艺规程确实存在一定的先后顺序问题。这个问题的核心在于确保双方对工艺规程的理解和接受程度，以及最终的批准权。以下是一些可能的考虑因素：

责任和权力：甲作为持有人，通常拥有最终的批准权，因为他们对产品的质量和合规性负有最终责任。因此，甲可能需要在乙签字后进行最终审查和批准。

实际操作和实施：乙作为受托方，负责日常的生产操作和工艺实施。因此，乙可能需要先对工艺规程进行审查和签字，以确保其可行性和符合生产实际。

综合考虑以上因素，一种可能的做法是：

乙先审查和签字，确保工艺规程符合生产实际和可行性。
甲进行最终审查，确保工艺规程满足质量标准和法规要求，并进行最终批准。
这种做法可以确保双方都有参与和审查的机会，同时保留了甲作为持有人的最终批准权。当然，这需要双方在流程开始前就明确各自的角色和责任，以及签字的顺序和意义。如果双方都是批准人，确实可以不必过分强调先后顺序，但应确保流程的效率和质量控制的严格性。在实际操作中，双方可以通过协商来确定最合适的签字顺序。