建议还是分开成两套体系文件和管理内容，如果可以，最好注册两家公司来最好，不然非常容易造成混乱，毕竟使用的指导原则并非通用。

实践经验，分开，分开，分开，各自建各自的体系，混在一起，简单一个字，乱

一般药品和医疗器械的公司都是单独的两个分公司，如果不想形成两个分公司，共用一套人员，一般可以按照一个公司两个模块，但是生产和质量干活的人相对分开，体系也建议分开，对于其他辅助部门的人员可以通用，体系要求也应一致，对于质量管理负责人、质量受权人这些的，可以是一个人，负责整个公司的运转，但负责器械的生产和质量人员是有相对独立的人，负责药业生产质量的人单独负责。