通常情况下，API审计应该在药品研发阶段前期进行。这是因为API是药品的核心成分，药品品质和安全性都与API的质量直接相关。如果在API研发阶段开始前就能对供应商进行审计，可以最大程度地降低后期出现问题的风险。 关于质量协议的签署，实际应用中有多种不同的方式。质量协议通常是由供应商和需方共同签署的，规定了API的质量标准和质量控制要求。质量协议的签署可以在研发阶段进行，通常需要签署多个版本，确保质量要求符合研发的要求并且能够被供应商满足。

如果在研发阶段出现了需要修改质量协议的情况，需要及时与供应商沟通，并且在修改后再次签署质量协议。 在每次采购时规定质量要求也是一种常见的做法。这种做法可以确保每次采购的API都符合需要，但需要注意的是，需要与供应商达成一致，确保采购的API的质量要求被满足。同时，这种做法也不一定符合GMP和GLP等相关法规的要求，需要谨慎使用。 

 总之，签署质量协议是保证API质量的重要措施。在具体实施中，需要根据实际情况选择合适的方式，确保API质量符合要求。