根据目前的中国药监局的规定，若申请人在国内境内设立了生产企业和委托生产的企业，则所申请的药品生产企业应包括该企业和委托生产的企业，即多厂生产的药品的申请，必须将所有生产企业同时申请。 

在您提出的情况下，如果X厂先获得了NDA批准，补充申请增加Y厂，则必须重新提交新的NDA申请，同时申报两个厂生产的药品，经过审批获得NDA批准后，Y厂的样品仍需要进行注册检验。 

因此，建议您在提交NDA申请时，将所有涉及到的生产企业都纳入到申请中，并能够证明各企业的生产能力和符合要求的质量标准。这样可以避免后期因多次申请和检验带来的不必要的麻烦和费用。