药物分子的设计通常包括以下的步骤：

1. 确定药物的靶点：需要明确正在研究的疾病的生理和病理过程，从中确定治疗的靶点，比如可以是一种酶、受体或者其他分子。 

2. 确定药物分子的性质：需要根据靶点的特性，确定药物的理化性质，比如药物需要具有一定的溶解度、稳定性、选择性和亲和力。 

3. 产生药物分子候选者：通过计算机辅助药物设计或高通量筛选等技术，产生一批具有潜在药效的药物分子候选者。 

4. 药物分子的优化：通过药物的合成、药效和毒副作用的生物学评估以及物理化学性质的优化，产生可用于临床研究的优秀药物分子。 

5. 临床研究：将优秀药物分子用于临床研究，进行药物代谢动力学、药效学和毒副作用的评估，最后批准上市。

药物的设计和发现是一个复杂的过程，需要依靠多学科、多部门、多技术的合作。