其实题主已经有倾向的选择了。只要再看看法规有没有强制的要求就好。

对于原料药的生产一般参照最多的就是中国GMP的原料药附录和ICH Q7

GMP附录：原料药中有关的规定：

第三十四条  原料药或中间产品的包装：

（二）应当对容器进行清洁，如中间产品或原料药的性质有要求时，还应当进行消毒，确保其适用性。

（三）应当按照操作规程对可以重复使用的容器进行清洁，并去除或涂毁容器上原有的标签。

ICH Q7中有关规定

9.21 包装容器应当被清洁，如果中间体或 API 有要求，还应当进行消毒处理，以确保能适应其最终用途。这些容器应无反应活性、加和性或吸附性，以避免改变中间体或 API 的质量，使其超出质量标准的限度。
9.22 如果容器被重复使用， 应当按有关操作规程加以清洁，并除去或掩盖所有以往的标识。  

两份法规指南中均只强调了包装容器要做好清洁及去除标签（防混淆）。而且用词是容器，并未要求是包材，因此按容器具，做好SOP规范操作就可以。

当然，其实玻璃瓶是有些破碎的风险，尤其是装着中间体的时候。建议换成PTFE或者PP桶这类容器，一次打碎丢失中间体的代价可能就超过采购的费用了

个人建议，上述玻璃瓶按照容器具的要求进行管理，会更合适一些。一般情况下，包装材料作为物料，容器具作为生产过程中的工具（或设备），均有自己的管理流程和法规要求，根据以上叙述，硼硅玻璃瓶更贴近于生产过程中的工具，需建立对应的管理规定（包括供应商管理、材质要求、清洁、更换、标识等相关要求）。

如果不需要长期储存，可以按照容器具进行管理。

回答：

可以按照容器具进行管理，但也需要做好贮存期验证。因为与产品直接接触，如果贮存时间较长，也需要做好相容性的研究。